2019年2月25日，重庆市巫溪县生态环境局正式挂牌。
　　按照《巫溪县机构改革实施方案》要求，组建生态环境局。将县环境保护局的职责，以及县发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，县水务局的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，县国土资源和房屋管理局的监督防止地下水污染职责，县农业委员会的监督指导农业面源污染治理职责等整合，组建县生态环境局，作为县政府工作部门，实行以市生态环境局为主的双重管理体制。
 
　　历史沿革
 
　　1981年3月
 
　　成立巫溪县人民政府环境保护办公室（简称“环保办”），开创巫溪县环保工作新纪元。
 
　　1994年12月
 
　　成立巫溪环境保护局，纳入政府序列，为正局级（一级局）行政机构。
 
　　2019年2月